Sebagai pendukung kegiatan belajar mengajar, pengembangan perpustakaan IAIN Kudus telah dirintis sejak tahun 1963 ketika berdiri YKD (Yayasan Kesejahteraan Daerah), yang mendirikan perguruan tinggi swasta STAI (Sekolah Tinggi Agama Islam). Ketika STAI berhasil dinegerikan dan bergabung dengan IAIN Walisongo pada tahun 1970 Fakultas Ushuludin IAIN Walisongo Kudus. 

Tanggal 26 Nopember 1996 Dirjen Binbaga Islam mengeluarkan nota persetujuan tentang perubahan 33 fakultas daerah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri, sehingga pada bulan Maret 1997, Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Kudus diresmikan dengan 33 STAIN se Indonesia melalui Kepres RI No. 11 Tahun 1997. Bersamaan dengan itu pula yang pula Pusat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (P3M) Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Kudus.

Pada saat itu Pusat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (P3M) masih menempati ruangan yang sangat kecil serta berpindah-pindah. Seiring meningkatnya sarana dan prasarana kampus sampai mempunyai kantor sendiri di Rektorat IAIN Kudus lt.1.

Pada tanggal 31 Desember 2002 Menteri Agama RI menerbitkan Surat Keputusan No : 491 Tahun 2002 Tentang STATUTA Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kudus, dilanjutkan pada tanggal 24 Juli 2008, Menteri Agama Republik Indonesia juga telah menerbitkan Surat Keputusan : Nomor 88 Tahun 2008 tentang STATUTA Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Kudus sebagai pengganti STATUTA sebelumnya.  Dan Tahun 2017 Kemenag menerbitkan Surat Keputusan No 33 Tahun 2017 tentang Statuta STAIN Kudus yang baru menggantikan statuta yang lama.

Pada tanggal 05 April 2018, Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kudus melakukan transformasi kelembagaan menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Kudus berdasarkan Perpres No. 27 Tahun 2018  Pusat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (P3M) beralih menjadi  Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LP3M).

Pada bulan Januari 2019,Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LP3M) IAIN Kudus berkantor menempati gedung baru yaitu gedung Perpustakaan Terpadu LT.1  yang diresmikan oleh Prof. Dr. Phil. Kamaruddin Amin, MA. selaku Dirjen Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia pada tanggal 30 Juli 2019. berkantor di Gedung yang baru memiliki fasilitas gedung yang luas dan fasilitas yang mendukung, sehingga diharapkan mampu lebih memberikan pelayanan terbaik kepada seluruh civitas akademika IAIN Kudus khususnya pada bidang Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat.